Çikolata kisti hastalığı sanılının aksine yumurtalık dışı organları da tutar ve ağrının asıl sebebi de bu diğer organ tutulumlarıdır. Bağırsakta çikolata kisti ya da endometriozisi tanısı alan hastaların en sık endişelerinden biri, ameliyat sırasında bağırsaklarının bir bölümünün mutlaka çıkarılacağı düşüncesidir. Oysa bağırsakta endometriozis bulunması her zaman bağırsak rezeksiyonu gerektiği anlamına gelmez. Endometriozis özellikle kalın barğırsak dediğimiz, rektum ve sigmoid kolonun dış yüzeyinden başlayarak bağırsak duvarının daha derin tabakalarına doğru ilerleyebilir. Bazı hastalarda yalnızca yüzeysel bir tutulum söz konusuyken, bazı hastalarda bağırsak duvarına daha derin yerleşen nodüller görülebilir. Bu nedenle uygulanacak cerrahi yöntem her hasta için ayrı değerlendirilmelidir. Özellikle hastanın şikayetleri de yapılcak cerrahiyi şekillendirir. Barsak tıkanıklığı, dışkılama problemleri gibi durumlarda bağırsak cerrahisi, segmental rezeksiyon dediğimiz bir ksım bağırsağı çıkarmak daha olası iken yalnız ağrısı olan bir hastada rektal dokuda endometriozis odaklarının tıraşlanması yeterli olmaktadır.
Cerrahi yöntemin seçiminde endometriozis nodülünün büyüklüğü, bağırsak duvarındaki derinliği, bağırsak çevresinin ne kadarını tuttuğu, bağırsakta daralmaya yol açıp açmadığı, yerleşim yeri ve tek ya da birden fazla odak bulunması önem taşır. Hastanın şikayetleri de bu değerlendirmeye dahil edilir. Özellikle adet döneminde artan ağrılı dışkılama, dışkılama sırasında derin pelvik ağrı, kabızlık veya bağırsak alışkanlıklarında değişiklik gibi yakınmalar bağırsak tutulumunda görülebilir. Ancak belirtilerin şiddeti her zaman hastalığın yaygınlığı ile doğru orantılı olmayabilir.
Daha yüzeysel ve sınırlı lezyonlarda endometriozis dokusu bağırsak duvarından dikkatlice ayrılarak çıkarılabilir. “Shaving” adı verilen bu yöntemde bağırsaktan bir segment çıkarılmaz ve mümkün olduğunca sağlıklı bağırsak dokusu korunur. Hastalık bağırsak duvarına daha derin ilerlemiş ancak küçük ve sınırlı bir bölgede kalmışsa, yalnızca hastalığın bulunduğu bağırsak duvarının çıkarıldığı disk eksizyonu uygulanabilir. Buna karşılık bağırsak duvarını geniş ve derin olarak tutan, belirgin daralmaya neden olan veya uygun şekilde lokal olarak çıkarılması mümkün olmayan bazı lezyonlarda segmenter bağırsak rezeksiyonu gerekebilir. Bu işlemde hastalıklı bağırsak bölümü çıkarılır ve sağlıklı bağırsak uçları yeniden birleştirilir.
Bağırsak rezeksiyonu planlanan hastaların bir diğer endişesi stoma, yani bağırsağın geçici olarak karın duvarına ağızlaştırılması olasılığıdır. Bağırsak endometriozisi ameliyatlarının büyük bölümünde stoma gerekli değildir. Ancak çok aşağı yerleşimli bağırsak anastomozları, birden fazla bağırsak işlemi yapılması veya cerrahın iyileşme açısından yüksek risk değerlendirdiği özel durumlarda geçici stoma gündeme gelebilir. Böyle bir olasılık öngörülüyorsa bunun ameliyat öncesinde hastayla ayrıntılı olarak konuşulması önemlidir. Özellikel bu durumlar hastaların % 3-5lik bir grubunda gerekmektedir.
Ameliyat öncesi değerlendirme bu nedenle büyük önem taşır. Endometriozis konusunda deneyimli kişiler tarafından yapılan ayrıntılı transvajinal ultrasonografi ve gerektiğinde pelvik MR, bağırsaktaki nodülün yerini, büyüklüğünü ve çevre organlarla ilişkisini değerlendirmeye yardımcı olur. Derin endometriozis yalnızca bağırsağı değil; üreterleri, vajeni, rahim arkasındaki dokuları ve bazı hastalarda pelvik sinirlerin bulunduğu alanları da etkileyebilir. Cerrahi plan yapılırken hastalığın bütün bu bölgelerdeki yaygınlığı birlikte değerlendirilmelidir.
Bağırsak endometriozisi cerrahisinde amaç en büyük ameliyatı yapmak değil, hastalığı etkili şekilde tedavi ederken mümkün olduğunca sağlıklı bağırsak dokusunu ve normal anatomiyi korumaktır. Bu nedenle bir hastada shaving yeterli olabilirken başka bir hastada disk eksizyonu veya segmenter rezeksiyon en uygun seçenek olabilir. Doğru cerrahi yöntem, hastalığın özellikleri ve hastanın ihtiyaçları birlikte değerlendirilerek kişiye özel olarak belirlenmelidir.